忠臣被冤杀
当时，后金所入隘口乃蓟州太守刘策所辖，而袁崇焕却能在第一时间千里赴救，遂谣言纷起，称都城突遇兵灾乃袁崇焕纵敌拥兵所致。而大臣也因为从前和议之事，称其引敌胁和。此外，清军又设反间计，传闻袁崇焕与清军定有密约，并令捉获的宦官听闻后遣返回去。宦官将之告诉崇祯帝，使得崇祯帝大起疑心。
崇祯二年(1629年)十二月，崇祯帝召袁崇焕、满桂、祖大寿入殿质证，袁崇焕不能对证。于是，崇祯帝下诏逮捕袁崇焕入锦衣狱。在一旁的祖大寿战栗失措，出殿后即刻带兵返回山海关，直到后来接到崇祯要求袁崇焕写的信才返回。之后，满桂被拜为武经略，赐尚方剑，指挥来援各部。而当时已经退到良乡的皇太极听闻袁崇焕下狱后，亲帅大军再次进逼京城。崇祯帝要求满桂出兵对敌，满桂则以“敌劲援寡，未可轻战”为由，坚持防守。终在多次催促下，满桂不得已于十二月十五日领黑云龙、麻登云、孙祖寿诸大将，移营永定门外二里;十六日，被后金军以精骑四面包围，大败，满桂及孙祖寿战死，黑云龙、麻登云被擒。这时，距离袁崇焕下狱才半个月。
祖大寿被袁崇焕修书召回后，欲立战功救袁崇焕。他收复了水平、遵化一带，迫使皇太极退回辽东。然而，崇祯三年(1630年)，经过半年多的审判，袁崇焕仍以“通虏谋叛”、“擅主和议”、“专戮大帅”的罪名被判凌迟，死于北京甘石桥，并流放其妻妾、子女、兄弟等人2000里。
袁崇焕死后，佘氏义仆为其收敛骸骨，葬于北京广渠门内广东义园，并从此世代为其守墓。清乾隆四十九年(1772年)，清高宗下诏为袁崇焕平反。
袁崇焕被杀后，明朝的北部疆域一直处于清兵威胁之下，内忧外患，崇祯帝焦头烂额。公元1644年1月，李自成率军攻破北京后，崇祯于煤山自缢身亡，终年35岁。同年4月，清兵攻入北京，建立了中国历史上最后一个封建王朝。
案件评析
袁崇焕在辽东为国守边，功勋卓著。作为敌对政权的清朝政府也对袁崇焕赞赏有加。清乾隆皇帝表示，虽然袁崇焕与清朝为难，但是，其忠于职守，只是因为明朝皇帝昏庸，以至于被斩杀，值得怜悯。
袁崇焕被判处死刑的三条罪名，颇值怀疑。
第一条罪名“通虏谋叛”，明显证据不足。因为崇祯皇帝中了皇太极的反间计，听信的太监之言只是传闻，而且仅为一人证言，不可用作证据。在3000多年前摩西为以色列人制定的约法中就规定：“人无论犯什么罪、作什么恶，都不可仅凭一人口证定案。对于凶恶的见证人，审判官要细细地查究，剔除见证人作假见证之嫌。”
第二条罪名“擅主和议”，也颇值怀疑。因为皇帝在重用袁崇焕时曾授于他尚方宝剑，让他便宜行事。而至于袁崇焕在前线出于战略、战术考虑，与后金将领有所交往，甚至进行某种谈判，只要没有损害国家利益，也并无大罪。
第三条罪名“专戮大帅”，是指袁崇焕杀毛文龙。袁崇焕作为国防前线总负责人，虽然级别与毛文龙同等，但职权比他大。虽然袁崇焕杀毛文龙确有不妥之处，但他在事前有皇帝的尚方宝剑，事后又向皇帝回报并得到皇帝的认可，则不能再以此定他死罪。
