但是噶尔丹尚未及与丹济拉会面，于三月十三日“早辰得病，日晚即死，不知何病”。据一个现场见证人杜拉儿口述：“噶尔丹曾云我向以折滚噶尔为良善之国，不意无信如此。怨恨数日，饮食俱废，于十二日头痛，召丹济拉前去，十三日午前身死”，随从当天即“夜焚其尸”。
噶尔丹终以悲剧英雄划出了自己政治生命的最后一个句号。
丹济拉、诺颜格隆、丹济拉之婿拉思伦，携噶尔丹尸骸，及噶尔丹之女钟察海，共300户至内地降清。丹济拉初授散秩大臣，其子多尔济塞卜腾授一等侍卫，钟察海与其弟塞卜腾马儿珠尔则安排在北京居住，并授塞卜腾马儿珠尔为一等侍卫，给之妻室，而以钟察海婚配二等侍卫沙克都尔。
三十六年三月在科布多阿察阿穆塔台地方暴病而死(见平定准噶尔)(一说势穷服毒自尽)。
噶尔丹在政治上不是庸才，军事上也颇有建树，他以数十年戎马生涯，东征西伐，战绩显赫;他纵横捭阖，深谋老练，一时成为我国北方草原上叱咤风云的人物。他领导下的准噶尔汗国也成了17世纪下半叶我国政治舞台上的强大力量。噶尔丹还忠于自己的政治思想和原则，直至身临绝境，不贪瓦全，宁可玉碎，也不接受清王朝的招降，体现了一个政治家的可贵气节。从这一意义上说，噶尔丹不愧是蒙古族一个有影响的历史人物。
葛尔丹的妻子是谁？
关于葛尔丹妻子在网上有很多种说法，有一部电视剧里面葛尔丹妻子是蓝齐儿，但是历史上蓝齐儿却是康熙的女儿。在历史记载中，康熙为了灭掉葛尔丹，出动了多少士兵，牺牲了非常多的兵力，怎么还会把他的女儿嫁给葛尔丹。所以这一说法也只是为了剧情才会改编出来的。
阿奴是葛尔丹统一西域后才娶的，而葛尔丹先前已经有了两位妃子，分别是阿海两姐妹。那阿奴怎么会成为皇后呢，上面说到了阿奴皇后跟葛尔丹一样，都是英勇善战的人，所以阿奴和葛尔丹才会惺惺相惜，也只有阿奴才能坐稳部落的皇后，所以葛尔丹才会立阿奴为皇后。
1696年，葛尔丹和葛尔丹妻子阿奴带的部队在科尔沁被别人出卖了，他们便匆匆忙忙的向西北方向逃跑，结果还是中了抚远将军费杨古的埋伏，阿奴皇后为了突围，带领精兵就要杀过去，结果被清军的巨型火炮轰炸死了。可见，阿奴皇后是真正的女中豪杰，即使被围困，依旧是没有胆怯，虽然最后还是失败了，但是不得不说她的这份勇敢和无畏是值得人们敬佩的。
葛尔丹有两个儿子——色布腾巴尔珠尔和车凌三鲁普。葛尔丹儿子在葛尔丹被子侄背叛杀死之后，被送往清朝。车凌三鲁普还没有到清朝都城的时候，就因为得了天花，没有办法治愈，在路上就过世了。而另外一个儿子色布腾巴尔珠尔到了清朝之后，只是做了一个小小的侍卫。
葛尔丹儿子可以说就是因为葛尔丹的失败而开始了悲惨的一生。本来是尊贵的身份，只是因为父亲的失败而成了其他国家的俘虏。葛尔丹儿子一生都没有机会建功立业便已经成了阶下囚，一个成了侍卫，在敌国任人欺负，另一个连命都没有保下来便去世了。
葛尔丹一生也算是枭雄，只是他野心太大，一边征伐，又一边和沙俄保持往来，更是没有及时的认清清朝的强大，才会一味的为了实现自己的野心而什么都不顾，导致最后被自己的亲人背叛杀死，还连累了自己的两个儿子。
