第二年,公孙述派遣将领程焉随从吕鲔出驻陈仓。冯异与赵匡迎击,大破程焉,程焉退走汉川。冯异追战于箕谷,再破程焉,回军攻击又破吕鲔,营保投降的很多。后来蜀又多次派遣将领乘间而出,冯异常给予摧垮挫败。招来百姓,申理冤屈,前后只三年工夫,来上林归附的人很多。
冯异自己以久率兵在外,心不自安,上书说思慕朝廷,愿意相亲于宫室,刘秀不许。后来有人上奏章说冯异在关中独断专行,杀了长安县令,威望权力很重,百姓心中归服,称他为“咸阳王。”刘秀派人把奏章给冯异观看。冯异惶恐害怕,上书谢罪说:“臣本来是个儒生,在战乱中获得受命的机会,充备于行伍之间,过分地蒙受恩私,被拜为大将,封爵为通侯,受任专委西方,以期建立微功,都是从国家利益着想,不计一己之私。我俯伏自思:以诏命征讨,常获得如意结果;有时以私心来决断,未尝不有所悔。皇上独见的明智,久而更加远大,就知道‘性与天道,是不可得而闻的了。’当兵革开始兴起,扰攘混乱的时候,豪杰群起竞逐,迷惑的人很多,我在遭遇之中,得以托身在你的麾下,在以前那样危险混乱的形势下,我尚且不敢有过失差错,何况现在天下平定,上尊下卑,而我在受爵恩宠的情况下,还能做出高深莫测的事情吗?我是诚心希望谨慎勤勉,以做到始终如一。看了圣上转示给我的奏章,战战兢兢恐怖害怕。我想明主知我的愚性,所以才敢于自陈心迹。”刘秀以诏书回答说“:将军之于国家,义为君臣,恩如父子。有什么嫌疑,而感到害怕呢?”
30年(建武六年)春天,冯异到京朝帝,刘秀中黄门赐以珍宝、衣服、钱帛,并道:“仓卒困筝时无蒌亭送我的豆粥,滹沱河送我的麦饭,深情厚意很久没有报答。”冯异叩头谢道:“我听说管仲曾对齐桓公说过:‘愿君王不要忘了射钩的事,我也不要忘了槛车的事。’齐国赖此而强。我今也愿皇上莫忘了河北的灾难,我也不会忘了你赦我于巾车的恩德。”后来几次赐宴引见,商议讨伐公孙述问题,留了十多天,就令冯异的妻室儿女跟随冯异回到西边去。