吴哥窟之废弃
1431年，暹罗破真腊国都吴哥，真腊迁都金边，次年，吴哥窟被高棉人遗弃，森林逐渐覆盖漫无人烟的吴哥。
后来有些高棉人猎户进入森林打猎，无意中发现宏伟的庙宇，也有一些当地的佛教徒在庙旁边搭盖屋寮居住，以便到庙宇中朝拜，但吴哥遗迹多不为世人所知。
16世纪，此寺被称为“Angkor Wat”;“Angkor”，来自nagara(都城)，Wat是高棉语中的“庙”，“Angkor Wat”即“都城庙”。
被人发现
1586年，方济各会修士和旅行家安东尼奥·达·马格达连那游历吴哥，并向葡萄牙历史学家蒂欧格·都·科托报告其游历吴哥的见闻：“城为方形，有四门有护城河环绕……建筑之独特无以伦比，其超绝非凡，笔墨难以形容”。但达·马格达连那的报告，被世人目为天外奇谈，一笑置之。
1857年，驻马德望的法国传教士夏尔·艾米尔·布意孚神父著《1848—1856印度支那旅行记，安南与柬埔寨》，报告吴哥状况，但未引人注意。
1861年1月，法国生物学家亨利·穆奥为寻找热带动物，无意中在原始森林中发现宏伟惊人的古庙遗迹，并著书《暹罗柬埔寨老挝诸王国旅行记》，大肆渲染，他说“此地庙宇之宏伟，远胜古希腊、罗马遗留给我们的一切，走出森森吴哥庙宇，重返人间，刹那间犹如从灿烂的文明堕入蛮荒”，这才使世人对吴哥刮目相看。
法国摄影师艾米尔·基瑟尔是世界上最早拍摄吴哥窟照片的摄影师。1866年他发表的吴哥窟照片使人们可以目睹吴哥窟的雄伟风采。
修复工程
1907年，暹罗将暹粒、马德望等省份归还柬埔寨。
1908年起，法国远东学院开始对包括吴哥窟在内的大批吴哥古迹进行为期数十年的精心细致的修复工程。吴哥窟的190米宽的护城河，如一道屏障，阻挡森林的围困，因此吴哥窟比其他吴哥古迹，保存得最完整。但仍然杂树丛生，有些树根深植入部分建筑物的红壤砖缝隙，逐渐将缝隙扩大，最后将红壤砖推落，使建筑物坍塌。修复工程包括几个方面的工作：清除杂草、树林、积土、白蚁，稳定地基，支撑摇摇欲坠的建筑物，然后运用考古学家在希腊雅典和印度尼西亚、爪哇等地古迹重建工作中发展起来的分析重建术，运用在吴哥古迹的重建上。清理吴哥窟的工程在1911年完成。
30年代，开始用分析重建术复原吴哥窟。分析重建法要求必须用遗址的原来材料，按原来的古代的建造方法复原遗址，只有在原物无存的情况下才允许适当使用代替物。这项工作到了六十年代曾因柬埔寨政局动荡而停顿，于1990年代重新展开。
吴哥寺在十四世纪中叶成为大乘佛教寺，因十三世纪时真腊国王阇耶跋摩七世奉大乘佛教为国教。十五世纪初叶暹罗入侵吴哥之后，因暹罗人信奉上座部小乘佛教，吴哥寺变为上座部佛寺。此后吴哥寺一直是上座部小乘佛寺，延续至今。
身世之谜
吴哥窟是由—个叫做吉篾(今名叫高棉)的东南亚民族所建，时间大概从公元802年起，那时阔耶跋摩二世建立了辉煌的高棉帝国，繁荣昌盛达6百年之久。
在12世纪时，吴哥建筑达到了艺术上的高潮。当时建造的吴哥庙，所有的墙壁全都刻有精美的浮雕，每个平台的周围都有面向四方的长廊，连接着神殿、角塔和阶梯，即使长廊的墙上也全都刻有描述古代印度神话故事的浮雕。吴哥庙不仅本身规模宏大无比，庙宇的外面还有一条将近10米宽的堤路。直通庙宇的大门，堤路的两边也都竖立着巨大威严的那伽蛇神像。
一般说来，世界各国所有的庙宇都是坐西朝东，而唯独吴哥庙大门朝西，这使后来研究古代高棉的考古学家百思不解。此后，吴哥王朝的历代国王的建城工作就一代又一代地传了下来。
吴哥文明的建筑之精美令人望之兴叹，然而却在15世纪初突然人去城空。在此后的几个世纪里，吴哥地区又变成了树木和杂草丛生的林莽与荒原，只有一座曾经辉煌的古城隐藏在其中。直到19世纪穆奥发现这个遗迹以前，连柬埔寨当地的居民对此都一无所知。
按说任何一个民族的文化都应有它的延续性，何况吴哥是一个曾经繁荣过600年的王朝，但它的文化竟一下子就忽然中断、忽然消失在历史的长河中了。
据考察，在吴哥地区过去曾有一百万人口以上居住，这个民族和这些人们到底到哪儿去了呢？这真是一个无法解开的谜团。不过经专家推测，极有可能是因为外敌的入侵，但外敌入侵。这可能导致王朝的改朝换代，但却无法使一个民族的人民统统消失。
