多尔衮权势欲极强，也非常有才干。他摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，遭到残酷打击自是情理之中。在多尔衮摄政期间，鳌拜受到的大迫害主要有三次。
第一次发生在顺治初年。顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功。顺治二年八月，阿济格因为没有及时奉旨班师，而且谎报战功，受到处罚。阿济格是顺治帝的叔父，为人粗暴，藐视小皇帝，私下呼为“孺子”。清廷谕令正黄旗固山额真谭泰会同护军统领鳌拜召集部众，将阿济格“称上为孺子”之语传示晓谕。谭泰顾及英亲王情面，没有照办。鳌拜也因听从了谭泰之言未奉行谕旨，结果不仅征讨李自成的军功不准议叙，还被罚银100两。后来谭泰又与索尼相仇，互相攻击，鳌拜因庇护索尼再次获罪，几被革职。
第二次发生在顺治五年(1648)。当年二月，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京。参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。多尔衮借此事兴起大狱，严讯诸人。最后，鳌拜以欲立豪格、与诸人盟誓等罪名论死，得旨“罚锾(huán)自赎”。四月，侍卫廓步梭又告发鳌拜在皇太极死时“擅发兵丁守门”，再次论死，改革职为民，得旨免革职。鳌拜虽以大功凯旋，在短短数月间却被论死两次，可见其所受打击之严酷、境遇之窘迫。
鳌拜所受的第三次打击是在顺治七年(1650)。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。总之，在多尔衮摄政期间，鳌拜有功而无赏、无罪而受罚，三次论死，备受打压。
顺治亲政后，鳌拜可以说是在政治上获得了新生。顺治闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿，遂对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，等等。应该说，鳌拜在这一段时间内表现得非常出色。正是由于这个原因，顺治对他也十分关心和信任。顺治十三年(1656)，鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年(1657)冬，孝庄太后(即皇太极妻博尔济吉特氏)病重，顺治朝夕侍侯。鳌拜也没闲着，昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。
综上所述，鳌拜作为“天子自将之师”镶黄旗的重要将领，忠心事主，始终不渝，在皇太极去世后坚决拥立其子为皇位继承人，甚至不惜兵戎相见，最终争得福临继位。他为此与睿亲王多尔衮结下怨仇，在后者摄政期间，多次遭受残酷打击，三次论死。当年曾一起盟誓的黄旗大臣这时早已分化瓦解，改变初衷转而投靠多尔衮者(如谭泰)大获好处。故主皇太极既已去世，其子福临也得以即位，鳌拜此时完全可以为谋求个人利益而党附多尔衮，这在古往今来的官场上是司空见惯之事。但鳌拜面对如此险恶处境，却仍然不屈不挠，始终没有迎合多尔衮。就此而言，鳌拜作为清初一员骁将，其性格是梗(ɡěnɡ)直倔强、敢于抗争的。他对故主皇太极忠心耿耿，一片赤诚，而对顺治也始终坚守臣节，称得上是一个难得的忠义之臣。在目前热播的影视剧中，鳌拜形象给人们留下的都是骄横跋扈、贪婪不法的奸恶形象，他的忠贞梗直这一面恐怕还是鲜为人知的。
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