第三，鳌拜与康熙之争。鳌拜是一个赳赳武夫，历事三朝，但表现前后有异，原因或许在于他辅佐顺治，皇太极余威、余恩犹存，而且顺治也是他力争而立的，所以还能忠心耿耿，可康熙玄烨就不一样了，此时他是三朝老臣，且掌握辅政大权，对年幼的康熙就不那么看得入眼了。这种情形就好像当年阿济格私下称呼顺治为“孺子”一样。不同的是，阿济格还只是背地里表示，而鳌拜却渐渐公然表露。在朝堂之上，鳌拜常常当面顶撞小皇帝，也当着皇帝的面，呵斥大臣。朝贺新年时，鳌拜身穿黄袍，仅其帽结与康熙不同。假如鳌拜遇上个末世也就罢了，其皇帝只能忍气吞声，徒叹奈何，可当时的清廷还处于上升态势，小皇帝康熙也不是等闲之辈，鳌拜如此行事，迟早会下场不妙。有一次，鳌拜装病，康熙去探望他，鳌拜卧床，席下放一把刀。康熙的侍卫搜出这把刀，局面很是尴尬而紧张。小皇帝却从容镇静，笑着说：“刀不离身是满洲故俗，不要大惊小怪!”鳌拜的跋扈，小皇帝的机智应变，都可以想见。
鳌拜处于这些矛盾的中心。很明显，鳌拜挑起换地事件，用意在于利用黄、白旗积怨，削弱反对自己的正白旗势力，打击政敌苏克萨哈。在打击对手这方面，大权在握的鳌拜可谓轻车熟路。此前他就曾整治过内大臣费扬古。费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年(1664)四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛(鳌拜之弟)。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动却失算了，直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并没有什么大罪，只不过是惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝却有魄力，不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。看起来，他又一次阴谋得逞。实际上，这未必是好事，因为它在小皇帝心中留下的印象绝对不会对鳌拜有利。40年后，康熙还提起这次事件，很痛心自己当时阻止不了鳌拜等人的决定。他说苏纳海三人不仅不当杀，而且不当罪，这纯粹是一场大冤狱。
康熙六年(1667)六月，索尼病死。这个索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治)14岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，自己又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任(此时他已经排名第一)，那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。康熙同样深知苏克萨哈并不该杀，虽然自己已经亲政，却仍然无力保全苏克萨哈一命。鳌拜气势汹汹，竟在御前“攘臂上前，强奏累日”，最终将苏克萨哈处以绞刑，并诛其族。苏克萨哈的被杀，使鳌拜与康熙之间的矛盾急剧上升，几乎达到了令康熙不可忍受的地步。
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