亡命巴黎的博卡萨自投罗网后，穿上了中非犯人穿的羊毛色无口袋衫和棉布裤。一个月后的11月26日，博卡萨终于被押上了审判台，中非共和国对他进行了第一次审判。从12月15日开始，博卡萨公开受审。由于他恶贯满盈，对他的审判，自然引起了中非国内外人士的广泛关注。受理审判博卡萨的是中非刑事法院，地点设在中非首都班吉法院的大厅内。审讯按起诉的14条罪行逐一进行。15日开庭那天，出庭作证的有60多人，听众约有200人。法庭内由中非士兵看守，他们手持短枪或长枪，每个人的脸都绷得紧紧的;门口和四周皆由常驻中非的法国士兵把守，其人数比希望前来一睹博卡萨“风采”的观众还多。大厅内外的气氛十分紧张。审讯只涉及1974年至1979年之间的案件。站在法庭被告席上的博卡萨声称他愿意回答对他的指控，以洗刷他的“耻辱”，恢复中非的“名誉”。因此，他在审讯过程中百般抵赖，企图把罪责全部推给他当时的下属。
但是，到他第三次受审问时，就明显流露出失望情绪了。特别是当前总统达科、前首相亨利·迈杜、前私人法律顾问以及受害者家属200多人先后到庭作证，揭露他在14年统治期间践踏法律和民主，犯下一桩桩杀人罪和侵吞国家财产罪时，这位曾经煊赫一时无法无天的君主先是犯了健忘症，说这也不知道，那也想不起来，后来不得不承认他犯有同谋杀人罪、迫害学生罪和侵吞国家财产等罪行。
1987年6月12日，代表中非人民意志的中非刑事法院根据国家刑法的规定，最后驳回了辩护律师的抗辩，宣判博卡萨死刑，并罚款600万非洲法郎(约合2万美元)，没收其价值约30亿非洲法郎的财产，以赔偿国家和受害者家属的损失。1988年2月29日，中非共和国总统科林巴宣布法令，将博卡萨的死刑减为终身劳役。 中非法院于1980年12月19日经过5天的缺席审判后，判处博卡萨死刑。他的那些靠巧取豪夺得来的大量加冕饰物亦被没收，收归国有。
被控罪行
其被控罪行有侵吞国家、滥肆残杀、藏匿尸体、戕害儿童和吃人肉等。博卡萨曾以公款购买300辆高级轿车和在国内外的25幢别墅。一名前厨师在法庭作证说，博卡萨下令将政治反对派人物切成肉片做成煎饼供他夜间食用。厨师甚至指控博卡萨命他拿人肉招待外宾。
法庭发出一项逮捕博卡萨的国际通缉令，并下令没收他的全部财产。由于博卡萨致函法国新总统密特朗，请求密特朗帮助他返回中非。科特迪瓦总统博瓦尼认定博卡萨未履行协定，因此下令立刻驱逐博卡萨出境。博卡萨于1982年重回法国，定居在巴黎以西约40公里处的一座别墅。由于中非总统达科下台，科林巴将军当上了新总统，因此博卡萨认为时机已到，开始考虑叛变之事。
博卡萨22日傍晚携同妻子和五个子女从法国驾车越境到达布鲁塞尔。午夜，搭乘一架航班飞机去罗马。在1986年10月23日搭机潜返中非共和国首都班基，博卡萨所持护照以及妻子护照上填的皆为化名，随即被保安人员发现并将博卡萨逮捕入狱。据了解，博卡萨原计划于中非10月24日国庆前夕潜回班基，网罗党羽并复辟帝制。
判处死刑
1987年6月6日被押回国内的博卡萨在班基法庭受审，被判处死刑。共有同谋杀人和侵吞国家财产等罪行，依法判处死刑，罚款600万非洲法郎，没收他总值达31.43亿非洲法郎的私人财产，并终身剥夺公民权。
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