1946年7月，印度各党派举行了制宪议会选举并建立临时政府。而尼赫鲁发表声明：所有自治计划都得经国大党首肯，且随时可被变更。此举使得穆盟宣布8月16日为争取建立巴基斯坦“直接行动日”。当天，在加尔各答，穆斯林与印度教、锡克教徒之间爆发了大规模的教派大屠杀，孩子、妇女、老人都惨遭杀害。教派仇杀蔓延至全国各地。事后印度教徒和穆斯林互相指责对方策划冲突。
同时，国大党方面要求建立强大的中央政府，多次请求将穆盟成员赶出临时政府。进一步强化了穆斯林建立主权国家的愿望，从而使穆盟领导人真纳接受了分割旁遮普和孟加拉的“小巴基斯坦方案”。
印巴分治
1947年6月3日，由印度总督蒙巴顿(英派)制订的《印度独立法案》公布，独立的代价是“把英属印度按照宗教信仰分为印度和巴基斯坦两个自治领”，保留总督、分别成立制宪议会和政府。于是，1947年8月14日巴基斯坦独立日，真纳在卡拉奇就任总督和制宪议会主席。第二天，印也度宣布独立，英国结束了两百多年的殖民统治。
印巴分治造成了难以估量的人道主义灾难。在此期间，印度教徒和穆斯林之间产生的不信任感和仇恨对后来的印巴两国关系产生了长期的不良影响。在旁遮普、孟加拉这两个地区，居住在印度教徒地区的穆斯林逃亡巴基斯坦，伊斯兰教地区的的印度教徒和锡克教徒逃往印度辖区。据理查德·西蒙兹的研究，在印巴难民迁移过程中，最保守的估计也有至少50万人在冲突中丧生，1200万人无家可归。
分治之后，一切都结束了?
印巴分治既不是开始，也不意味着结束。分治之后，两个国家之间的间隙、矛盾、冲突乃至战争仍然在继续。就水资源来说，由于雷德克里夫线分割了印度河流域的灌溉系统，导致两国在水资源分配上出现争议。印巴关系紧张时，印度曾控制上游水源，停止向巴供水。后由世界银行介入调停，经多年努力，两国才于1960年签署《印度河水协定》，印方获得印度河流域全部水量的20%，巴方获得80%。
争议的同义词——克什米尔
两次印巴战争、1987年大规模武装冲突、1999年最严重的一次冲突，以及数不胜数的边境摩擦，都能归于一个地区——克什米尔。克什米尔与印巴两国接壤，控制着通往中亚的交通孔道，战略地位十分重要。
而它本身就是一种争议和矛盾。因为克什米尔的王公信仰印度教，倾向于归属印度或独立，而当地占人口77%的穆斯林倾向于加入巴基斯坦。1947年10月，克什米尔王公哈里·辛格宣布与印度正式合并。此举违背巴基斯坦和穆斯林的意愿，于是印巴双方先后派兵进入克什米尔，第一次印巴战争爆发。
到1948年，战局陷入僵持，双方于12月31日达成停火协议，以停火线南北分割克什米尔，巴基斯坦占据克什米尔的2/5，而印度控制其3/5的土地。有了第一次，第二次、第三次印巴战争接踵而至，1972年6月28日，印巴首脑签署了《西姆拉协议》，要求双方举行双边会晤最终解决克什米尔问题。印巴两国数次举行会谈，但起不到任何实际作用。
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